มหาวิหารมะนิลา (ฟิลิปีโน: Katedral ng Maynila, อังกฤษ: Manila Cathedral) มหาวิหารแห่งเมืองหลวงมะนิลา หรือที่รู้จักอย่างไม่เป็นทางการในชื่อมหาวิหารมะนิลาคือ มหาวิหารโรมันคาทอลิกที่ตั้งอยู่ในกรุงมะนิลา ประเทศฟิลิปปินส์ อุทิศให้กับพระนางมารีย์พรหมจารี ในฐานะแม่พระปฏิสนธินิรมล ซึ่งเป็นนักบุญองค์อุปถัมภ์หลักของฟิลิปปินส์ มหาวิหารใช้งานในฐานะสันตะสำนักของอาร์ชบิชอปแห่งมะนิลา ซึ่งเป็นอาร์ชบิชอปโดยพฤตินัยของประเทศฟิลิปปินส์
มหาวิหารตั้งอยู่ที่ลานโรมในเขตอินตรามูโรส (Intramuros) ของกรุงมะนิลา แต่เดิมมหาวิหารคือโบสถ์ในเขตศาสนาซึ่งถูกบริหารในเขตการปกครองของบิชอปแห่งเม็กซิโกใน ค.ศ. 1571 จนกระทั่งถูกแยกในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1579 โดยการออกคำสั่งของสารตราพระสันตะปาปา (สมเด็จพระสันตะปาปาเกรโกรีที่ 13)
มหาวิหารได้รับความเสียหายและถูกทำลายหลายครั้งตั้งแต่โครงสร้างดั้งเดิมถูกสร้างใน ค.ศ. 1581 ตัวอย่างของมหาวิหารในปัจจุบันคือ อาคารรุ่นที่ 8 ซึ่งสร้างเสร็จสมบูรณ์ใน ค.ศ. 1958 มหาวิหารได้รับการสนับสนุนจากสมเด็จพระสันตะปาปา 3 องค์ และเอกอัครสมณทูต 2 องค์ จากสมเด็จพระสันตะปาปาเกรโกรีที่ 13 สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 6 และสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ผู้ซึ่งมีสารตราพระสันตะปาปาประกาศให้มหาวิหารมีฐานะเป็นมหาวิหารรอง เมื่อวันที่ 27 เมษายน ค.ศ. 1981
